A zenekar szellemi szülőatyja és névadója Marilyn Manson (polgári nevén Brian Warner) 1969-ben látja meg a napvilágot Ohio államban. aki a napfényes Floridában 1989-ben megalakítja az először Marilyn Manson & The Spooky Kids névre keresztelt formációt. A cél, hogy kitapogassák az amerikai cenzúra határait. Már a tagok névválasztása is jókora provokáció: Vezetéknévként ismert tömeggyilkosok neveit vették fel, míg a keresztneveket híres amerikai nőideáloktól kölcsönözték.A fura imágó nem kerüli el a Nine Inch Nails-énekes, Trent Reznor figyelmét: leigazolja a fiúkat kiadójához, a Nothinghez. Az elkövetkezendő évek számtalan tagcseréje nem akadályozza meg a csapatot, hogy kemény turnézásba kezdjenek a Suicidal Tendencies, a Meat Beat Manifesto, a Murphy's Law és a Genitorturers társaságában. Így már nem teljesen ismeretlenek, amikor kijön első lemezük, az 1994-es Portrait of an American Family, amelyen jó néhány szám erejéig Trent Reznor is közreműködik. Nem rossz hátszél egy debütáló korongon. A Marilyn Manson túlságosan provokatív volt ahhoz, hogy észrevétlen maradjon az alapjaiban máig konzervatív Amerika számára. A középosztály unatkozó csemetéi felfedezik, hogy a bandával alaposan kiakaszthatják szüleiket és tanáraikat. A zene ugyan kissé középszerű, de elég dinamikus és jellegzetes ahhoz, hogy rá lehessen aggatni egy rakás kiegészítőt. Azt lehetetlen kibogozni, hogy a provokációk tengerében mi is jön spontán a fiúkból, s mennyi a precízen kiszámított marketing. Mindenesetre a sátánizmus, az erőszak, a szex, a különböző perverziók mind visszatérő motívumai a Manson-daloknak, s mindez nagyon karakteresen jelenik meg a végtelenül profi videókban és színpadi showkban.1996 az áttörés éve. Ekkor jelenik meg az Antichrist Superstar, ami váratlanul a harmadik helyen landol az amerikai listán. A zenekar koncertjei mindenhol a világon telt ház előtt zajlanak  már ahol nem tiltják be őket. Hasonlóan sikeres az 1998-as Mechancial Animals. Az Egyesült Államok egyik kultuszzenekarává válnak, a különböző keresztény csoportok ismétlődő támadásai csak arra jók, hogy folyamatosan a reflektorfényben maradjanak.1999-ben  ahogy erről a hazai média is bőséggel beszámolt - két rajongójuk tömegvérengzést hajt végre egy amerikai középiskolában. A 15 halottat követő akció annyi indulatot kavart, hogy a bandának meg kell szakítania turnéját. A Manson-hívőket egy koncertlemezzel (The Last Tour on Earth) kárpótolják. A 2000-ben megjelent Holly Wood (In The Shadow Of The Valley Of Death) című album egyenes folytatása a korábbiaknak. Jellemző módon a borítón Manson látható keresztre feszítve, ami nem csak a vallási szervezeteket akasztja ki, de bizonyos üzletek is elzárkóznak az eladásától, amitől persze még nagyobb publicitást kap a lemez. A provokációs technikára jellemző, hogy a szám egyik dalának (Fight Song) a klipjében nyílt utalás található a fent említett 1999-es iskolai mészárlásra.

2002 májusában Twiggy Ramirez basszusgitáros nyolc évnyi közös munka után elhagyta a zenekart. A hivatalos indoklás a zenei elképzelések különbségét jelölte meg indoknak. Ramirez olyan sikerdalok társszerzője volt, mint a The Dope Show vagy a The Beautiful people.